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师资队伍
教师队伍
江瑞

副教授

信息处理研究所

电话: 010-62795578 Fax: 010-62786911
地点:北京千赢国系


教育背景


1992年9月-1997年7月 千赢国系自动控制专业学习,获工学学士学位

1997年9月-2002年1月 千赢国系检测技术及自动化装置专业学习,获工学博士学位


工作履历


2007年-至今,千赢国系,副教授

2004年-2007年,美国南加州大学,博士后

2002年-2003年,香港科技大学,博士后


学术兼职


中国自动化学会,智能健康与生物信息专业委员会,副主任


研究领域


1. 人工智能、机器学习、智能健康与医疗、生物信息。包括:

2. 医学影像人工智能分析

建立高精度的生物医学影像深度学习平台,运用人工智能技术并行化对大量数据进行快速准确地分析。通过对病理、CT、核磁等医学影像的人工智能分析,找到肿瘤和癌症病灶,辅助医师的诊断。基于大量临床数据从医学影像计算学角度制定多种疾病的影像学诊断、评价标准,并拟通过临床试验和领域内资深专家验证,实现疾病诊查的客观性和可重复性。

3. 电子病历自然语言处理

对中文电子病历文本进行人工智能分析,实现如下功能:分词、词性标注、浅层句法分析和医疗实体识别,进行医疗实体与实体关系语料库标注规范、语料库标注工具、语料库样本数据、医学伦理性证明等。

4. 基因组深度学习

建立基于自然语言处理的深度学习框架,对非编码调控元件如增强子、启动子、以及其相互作用建立二值分类的机器学习方法,包括基于序列信息预测增强子–启动子相互作用的深度学习模型,整合序列特征和转录因子表达量预测细胞系特异增强子–启动子相互作用的深度学习模型。

5. 多组学数据整合

整合了多种遗传变异的功能注释以及全基因表观遗传学的实验数据,建立统计学习以及深度学习模型去预测遗传变异对特定疾病的影响。通过连锁分析和关联研究可以得到很多特定疾病的候选致病基因,通过建立基因-基因的网络,蛋白质-蛋白质的网络等,通过最大流和随机游走等可以从这些网络中,对候选基因基因排序,找到对特定疾病最有可能的致病基因。


研究概况


运用人工智能与机器学习的理论与方法,探索智能健康与生物信息领域重大科学问题,突破基因组序列研究和生物医学大数据整合分析瓶颈,在基因调控模式识别、致病基因发现、致病遗传变异定位等方面建立了一系列原创性的生物信息学理论与方法,取得了一批具有国际影响力的突破性成果。已在顶级国际期刊发表SCI检索论文80余篇,包括:Nature Communications2篇),Proc Natl Acad Sci3篇),Nucleic Acids Research2篇),Bioinformatics8篇)等。



奖励与荣誉


2008年,清华大学教学成果一等奖

2008年,北京市教学成果一等奖

2009年,国家级教学成果二等奖

2013年,中国自动化学会自然科学奖二等奖



学术成果


代表性论文

1. Wanwen Zeng, Shengquan Chen, Xuejian Cui, Zijing Gao, Rui Jiang *, SilencerDB: a comprehensive database of silencers, Nucleic Acids Research, in press, 2020

2. Wenran Li, Zhana Duren, Rui Jiang *, Wing Wong *, A method for scoring the cell-type specific impacts of non-coding variants in personal genomes, Proc Natl Acad Sci USA, 117 (35): 21364-21372, 2020

3. Wanwen Zeng, Yong Wang *, Rui Jiang *, Integrating distal and proximal information to predict gene expression via a densely connected convolutional neural network, Bioinformatics, 36(2):496-503, 2020

4. Wanwen Zeng, Xi Chen, Zhana Duren, Yong Wang, Rui Jiang *, Wing Hung Wong *, DC3: Deconvolution and coupled clustering from bulk and single cell genomics data, Nature Communications, 10: 4613, 2019

5. Qiao Liu, Hairong Lv, Rui Jiang *, hicGAN infers super resolution Hi-C data with generative adversarial networks, ISMB 2019 & Bioinformatics, 35(14): i99-i107, 2019

6. Wenran Li, Wing Hung Wong *, Rui Jiang *, DeepTACT: predicting high-resolution chromatin contacts via bootstrapping deep learning, Nucleic Acids Research, 47(10): e60, 2019

7. Qiao Liu, Fei Xia, Qijin Yin, Rui Jiang *, Chromatin accessibility prediction via a hybrid deep convolutional neural network, Bioinformatics, 34(5): 732-738, 2018

8. Zehua Liu, Huazhe Lou, Kaikun Xie, Hao Wang, Ning Chen, Oscar M. Aparicio, Michael Q. Zhang, Rui Jiang *, Ting Chen *, Reconstructing cell cycle pseudo time-series via single-cell transcriptome data, Nature Communications, 8:22, 2017

9. Zhana Duren, Xi Chen, Rui Jiang *, Yong Wang *, Wing H Wong *, Modeling gene regulation from paired expression and chromatin accessibility data, Proc Natl Acad Sci USA, 114(25): E4914-E4923, 2017

10. Xu Min, Wanwen Zeng, Ning Chen, Ting Chen *, Rui Jiang *, Chromatin accessibility prediction via convolutional long short-term memory networks with k-mer embedding, ISMB 2017 & Bioinformatics, 33(14): i92-i101, 2017

11. Rui Jiang *, Walking on multiple disease-gene networks to prioritize candidate genes, Journal of Molecular Cell Biology, 7(3):214-230, 2015

12. Shining Ma, Tao Jiang, Rui Jiang *, Differential regulation enrichment analysis via the integration of transcriptional regulatory network and gene expression data, Bioinformatics, 31(4): 563-571, 2015

13. Jiaxin Wu, Yanda Li, Rui Jiang *, Integrating multiple genomic data to predict disease-causing nonsynonymous single nucleotide variants in exome sequencing studies, PLoS Genetics, 10(3): e1004237, 2014

14. Feng Zeng, Rui Jiang *, Ting Chen *, PyroHMMvar: a sensitive and accurate method to call short INDELs and SNPs for Ion Torrent and 454 data, Bioinformatics, 29(22): 2859-2868, 2013

15. Feng Zeng, Rui Jiang *, Ting Chen *, PyroHMMsnp: a SNP caller for Ion Torrent and 454 sequencing data, Nucleic Acids Research, 41(13):e136, 2013

16. Yong Chen, Tao Jiang, Rui Jiang *, Uncover disease genes by maximizing information flow in the phenome-interactome network, Bioinformatics, 27:i167-i176, 2011

17. Wanwan Tang, Xuebing Wu, Rui Jiang *, Yanda Li *, Epistatic module detection for case-control studies: A Bayesian model with a Gibbs sampling strategy, PLoS Genetics, 5(5): e1000464, 2009

18. Xuebing Wu, Qifang Liu, Rui Jiang *, Align human interactome with phenome to identify causative genes and networks underlying disease families, Bioinformatics, 25(1):98-104, 2009

19. Rui Jiang, Hua Yang, Linqi Zhou, C.-C. Jay Kuo, Fengzhu Sun, Ting Chen *, Sequence-based prioritization of nonsynonymous single-nucleotide polymorphisms for the study of disease mutations, American Journal of Human Genetics, 81(2):346-360, 2007

20. Rui Jiang, Zhidong Tu, Ting Chen *, Fengzhu Sun *, Network motif identification in stochastic networks, Proc Natl Acad Sci USA, 103(25): 9404-9409, 2006


发明专利

1. HE染色器官病理图像分割方法、装置

2. 细胞图像中细胞轮廓弯曲程度的衡量方法、系统及介质

3. 高分辨率图像纹理特征提取方法及系统

4. 掩模图像的分割方法及系统

5. 基于图路径搜索和深度学习的细胞图像分割方法

6. 图像要素提取方法及装置

7. 一种基于专用语料库字向量的无监督中文分词方法

8. 电子病历表型抽取、表型名称规范化方法及系统

9. 中文电子病历命名实体抽取方法及系统

10. 基于深度学习的医院分诊方法、系统、装置及介质

11. 一种基于词向量的医疗分诊方法及系统

12. 多类生物序列注释的整合方法

13. 基因组单位点变异致病性的预测方法、系统及存储介质


软件著作权

1. 数字化组织病理影像浏览标注软件V1.0

2. 数字化组织病理影像几何变换软件V1.0

3. 基于深度学习的多系统萎缩综合征辅助诊断软件V1.0

4. 数字化组织病理影像加噪模糊软件V1.0

5. 数字化组织病理影像色彩调整软件V1.0

6. 数字化组织病理影像分割软件V1.0

7. 细胞分割预处理浏览软件V1.0

8. 细胞形状特征提取软件V1.0

9. 染色质开放性注释与可视化系统


人才培养


吴雪兵:哥伦比亚大学,助理教授

丰:厦门大学,助理教授

马士宁:斯坦福大学,博士后

刘泽华:哈佛大学,博士后

吴蒙蒙:清华大学,博士后

王子承:哥伦比亚大学,博士后

曾婉雯:南开大学,助理教授

李文然:斯坦福大学,博士后


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